O planejamento no âmbito do SUS tem como base os seguintes pressupostos:

• Planejamento como responsabilidade individual de cada um dos três entes federados, a ser desenvolvido de forma contínua, articulada e integrada;
• Respeito aos resultados das pactuações entre os gestores nas Comissões Intergestores Regionais (CIR), Bipartite (CIB) e Tripartite (CIT);
• Monitoramento, a avaliação e integração da gestão do SUS;
• Planejamento ascendente e integrado, do nível local até o federal, orientado por problemas e necessidades de saúde para a construção das diretrizes, objetivos e metas;
• Compatibilização entre os instrumentos de planejamento da saúde (Plano de Saúde e respectivas Programações Anuais, Relatório de Gestão) e os instrumentos de planejamento e orçamento de governo, quais sejam o Plano Plurianual (PPA), a Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO) e a Lei Orçamentária Anual (LOA), em cada esfera de gestão;
• Transparência e visibilidade da gestão da saúde, mediante incentivo à participação da comunidade;
• Concepção do planejamento a partir das necessidades de saúde da população em cada região de saúde, para elaboração de forma integrada.

Os instrumentos referidos interligam-se sequencialmente, compondo um processo cíclico de planejamento para operacionalização integrada, solidária e sistêmica do SUS.