Em conformidade com o Regulamento Técnico estabelecido, o Ministério da Saúde adotou medidas para a estruturação do Sistema Nacional de Transplantes. Confira:

1. Coordenação Nacional do Sistema Nacional de Transplantes: Essa Coordenação é responsável pela normatização e regulamentação dos procedimentos relativos à captação, alocação e distribuição de órgãos. Está sob sua responsabilidade o controle, inclusive social, das atividades que se desenvolvem no País nesta área, mediante articulação com todos os integrantes do SNT, sejam órgãos estaduais e municipais ou prestadores de serviços, além da análise das comunicações advindas da imprensa e da sociedade, para o planejamento estratégico da atividade do sistema e identificação e correção de falhas verificadas no seu funcionamento.
   É também atribuição do órgão central do SNT credenciar centrais de notificação, captação e distribuição de órgãos e autorizar estabelecimentos de saúde e equipes especializadas a promover retiradas, transplantes ou enxertos de tecidos, órgãos e partes do corpo.
2. Grupo Técnico de Assessoramento: Para assistir a Coordenação Nacional do SNT no exercício de suas funções, foi criado, em agosto de 1998, o Grupo Técnico de Assessoramento (GTA). Tem por atribuição propor diretrizes para a política de transplantes e enxertos, propor temas de regulamentação complementar, identificar os índices de qualidade para o setor, analisar os relatórios com os dados sobre as atividades do SNT e dar parecer sobre os processos de cancelamento de autorização de estabelecimentos e equipes para a retirada de órgãos e realização de transplantes ou enxertos.
3. Centrais Estaduais de Transplante: A partir da aprovação do Regulamento Técnico de Transplantes, o Ministério da Saúde desenvolveu, em parceria com as Secretarias Estaduais de Saúde, a implantação das Centrais de Notificação, Captação e Distribuição de Órgãos (CNCDO), também chamadas de Centrais Estaduais de Transplante.
4. Central Nacional de Transplante: Como a atividade das Centrais Estaduais se dá no âmbito estadual e com o desenvolvimento e incremento das atividades de transplante no País, surgiu a necessidade da criação de uma estrutura que articulasse as ações interestaduais. Assim, em 16 de agosto de 2000, foi criada a Central Nacional de Transplantes, que funciona ininterruptamente em Brasília-DF. A Central Nacional articula o trabalho das Centrais Estaduais e provê os meios para as transferências de órgãos entre os estados com vistas a contemplar as situações de urgência e evitar os desperdícios de órgãos sem condições de aproveitamento no seu estado de origem. Exemplificando, quando um coração é doado e retirado num estado que não realize transplante de coração, o mesmo é disponibilizado para a Central Nacional, que o transfere para o estado mais próximo que realize o procedimento. Esta atividade tem garantido um melhor aproveitamento dos órgãos doados.
   Para apoiar as ações da Central Nacional, viabilizar e agilizar seu trabalho dentro dos prazos exíguos que se dispõe para operacionalizar os procedimentos envolvidos na sua atividade, o Ministério da Saúde, em janeiro de 2001, celebrou Termo de Cooperação com 15 empresas aéreas reunidas no Sindicado Nacional das Empresas Aéreas. Esta cooperação vem garantindo o transporte gratuito de órgãos e, eventualmente, de equipes médicas de retirada. Em 2016 a Força Aérea Brasileira iniciou a atividade de transporte de órgãos no país, somando esforços às Centrais de Transplantes no processo doação/transplantes de órgãos.
5. Organizações de Procura de Órgãos (OPO): A Portaria Nº 2600,  de 21 de outubro de 2009, estabelece a criação das OPO, que atuarão conjuntamente com a CNCDO e CIHDOTT nos processos de doação de órgãos e tecidos para transplantes.
6. Comissões Intra-Hospitalares de Transplante: Com o objetivo de aumentar a captação de órgãos e apoiar as atividades da CNCDO, foi estabelecida a obrigatoriedade da existência de Comissões Intra-Hospitalares de Transplantes nos hospitais com UTI do tipo II ou III, hospitais de referência para urgência e emergência e hospitais transplantadores. Estas comissões desenvolvem em seus hospitais, conjuntamente com as OPO, o processo de identificação de potenciais doadores em morte encefálica ou coração parado, a abordagem familiar para autorização, além da triagem clínica e sorológica. Também articulam com a CNCDO a formalização da documentação necessária e o processo de retirada e transporte de órgãos e atuação das equipes transplantadoras.
7. Bancos de Órgãos e Tecidos: Os Bancos são responsáveis pela retirada, processamento e conservação de órgãos e tecidos para fins de transplantes. Em 2000, foram estabelecidas normas de funcionamento e cadastramento e criados os Banco de Tecidos Oculares (córneas), Banco de Sangue de Cordão Umbilical e Placentário (transplante de medula), Banco de Tecidos Musculoesqueléticos.
8. Registro de Doadores de Medula Óssea: Para o transplante "não aparentado" de medula óssea, é necessária a busca de material doado por pessoas que se dispõem a doar medula para transplante, através do Registro de Doadores de Medula Óssea (REDOME), instalado no Instituto Nacional do Câncer (INCA). Quando os pacientes não têm doador identificado no Brasil, existe uma busca internacional, com ações destinadas a procurar um doador compatível em Bancos internacionais, realizar os exames necessários, coletar a medula, processá-la e transportar o material do País em que foi coletada até o Centro Transplantador no Brasil e vice-versa.